Representante legal de la Universidad y máxima autoridad académica, administrativa y financiera, así como ejecutor de las políticas y decisiones de los consejos de Fundadores y Superior.

Funge como Secretaria de los consejos de Fundadores, Superior y Académico, certifica actos y hechos de la Universidad, responde por la publicación, el archivo y la custodia de la memoria institucional, asesora en temas contractuales y sirve como apoderado en los asuntos judiciales.

Segundo órgano colegiado de mayor jerarquía de la Universidad, integrado por un Presidente, un Presidente alterno, nueve miembros elegidos por el Consejo de Fundadores y por un estudiante y un profesor elegidos por democracia. Entre sus principales funciones están evaluar, modificar y aprobar el plan de desarrollo institucional, crear, modificar o suprimir programas académicos, aprobar los reglamentos de la Universidad, nombrar al Rector, Vicerrector, Secretario General, decanos y Auditor, aprobar la estructura académico-administrativa y rendir al Consejo de Fundadores informe sobre su gestión, balance académico, financiero y administrativo y proyección de actividades.